医疗级次氯酸钠是一种高效氧化剂,在水中以次氯酸形态存在,次氯酸极不稳定,易分解出氧气。医疗级次氯酸钠溶液如果是中性,很不稳定,如果是酸性也不稳定,若是碱性,就比较稳定,所以常见的都是它的碱性水溶液。碱度不低于2到3%的溶液,可以储存10至15天。碱度较小的溶液分解较快,并放出不稳定的次氯酸,次氯酸再分解而失去氯或氧。总的说来作为一种化学物稳定性一般较差,故不宜久贮。

储存时应该密封避光只能降低它的分解速率,但放置的时间久了会分解完从而实现消毒杀菌的效果。所以医疗级次氯酸钠一般都是即配即用。经过密封处理的医疗级次氯酸钠可以保存3到5个月。